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Run: ERR4815301
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Run ID: ERR4815301

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Date: 01-04-2023 13:47:11

Number of reads: 761784

Percentage reads mapped: 62.8

Strain: lineage4.4.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.2 Euro-American T1;T2 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6049 c.810G>A synonymous_variant 0.15
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8272 p.Ala324Gly missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 619888 c.-3C>A upstream_gene_variant 0.12
rpoB 760114 p.Asp103Gly missense_variant 0.14
rpoB 762024 p.Val740Ile missense_variant 0.18
rpoB 762050 c.2244G>A synonymous_variant 0.4
rpoB 762051 p.His749Tyr missense_variant 0.4
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.36
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 0.36
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762085 p.Ala760Glu missense_variant 0.4
rpoB 762089 c.2283G>A synonymous_variant 0.36
rpoB 762092 c.2286G>A synonymous_variant 0.4
rpoB 762104 c.2298C>T synonymous_variant 0.4
rpoB 762110 c.2304G>C synonymous_variant 0.36
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 0.36
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762218 c.2412T>A synonymous_variant 0.27
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.25
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.25
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.25
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.3
rpoB 762248 c.2442G>A synonymous_variant 0.3
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.38
rpoB 762293 c.2487T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.18
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.25
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.27
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.31
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762956 c.-414G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763022 c.-348C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.27
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.27
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.23
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.19
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763781 p.Ser138Ala missense_variant 0.11
rpoC 764389 p.Leu340Phe missense_variant 0.2
rpoC 764405 c.1036A>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.31
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.39
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.35
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.35
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.3
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.3
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.39
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.31
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 765182 p.Asp605His missense_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1460907 c.-138T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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