TB-Profiler result

Run: ERR4815301

Summary

Run ID: ERR4815301

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:47:11

Number of reads: 761784

Percentage reads mapped: 62.8

Strain: lineage4.4.2

Drug-resistance: Other


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.2 Euro-American T1;T2 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6049 c.810G>A synonymous_variant 0.15
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8272 p.Ala324Gly missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 619888 c.-3C>A upstream_gene_variant 0.12
rpoB 760114 p.Asp103Gly missense_variant 0.14
rpoB 762024 p.Val740Ile missense_variant 0.18
rpoB 762050 c.2244G>A synonymous_variant 0.4
rpoB 762051 p.His749Tyr missense_variant 0.4
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.36
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 0.36
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762085 p.Ala760Glu missense_variant 0.4
rpoB 762089 c.2283G>A synonymous_variant 0.36
rpoB 762092 c.2286G>A synonymous_variant 0.4
rpoB 762104 c.2298C>T synonymous_variant 0.4
rpoB 762110 c.2304G>C synonymous_variant 0.36
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 0.36
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762218 c.2412T>A synonymous_variant 0.27
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.25
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.25
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.25
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.3
rpoB 762248 c.2442G>A synonymous_variant 0.3
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.38
rpoB 762293 c.2487T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.18
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.25
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.27
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.31
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762956 c.-414G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763022 c.-348C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.27
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.27
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.23
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.19
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763781 p.Ser138Ala missense_variant 0.11
rpoC 764389 p.Leu340Phe missense_variant 0.2
rpoC 764405 c.1036A>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.31
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.39
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.35
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.35
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.3
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.3
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.39
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.31
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 765182 p.Asp605His missense_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1460907 c.-138T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475522 n.1865A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475767 n.2112_2113dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476633 n.2976A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476668 n.3011C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
inhA 1674458 p.Asn86Ser missense_variant 0.18
rpsA 1834228 c.687C>T synonymous_variant 0.17
rpsA 1834234 c.693G>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834240 c.699T>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1834246 c.705G>T synonymous_variant 0.22
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.25
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.24
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.24
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.17
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065991 c.201C>T synonymous_variant 0.13
Rv2752c 3066099 p.Met31Ile missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448348 c.-156G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449061 c.558C>T synonymous_variant 0.14
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039981 p.Leu242Ile missense_variant 0.25
clpC1 4039982 c.723G>C synonymous_variant 0.25
clpC1 4039994 p.Glu237Asp missense_variant 0.33
clpC1 4040009 c.696C>G synonymous_variant 0.29
clpC1 4040015 c.690G>C synonymous_variant 0.33
clpC1 4040018 c.687G>C synonymous_variant 0.33
clpC1 4040021 c.684A>C synonymous_variant 0.36
clpC1 4040024 c.681A>G synonymous_variant 0.13
clpC1 4040033 c.672G>C synonymous_variant 0.29
clpC1 4040036 c.669C>G synonymous_variant 0.29
clpC1 4040042 c.663C>T synonymous_variant 0.43
clpC1 4040066 c.639G>T synonymous_variant 0.25
clpC1 4040069 c.636G>T synonymous_variant 0.23
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246508 c.-6G>A upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268928 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4269375 c.-539G>A upstream_gene_variant 1.0
ethA 4327265 p.Thr70Ser missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0