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Run: ERR502480
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Run ID: ERR502480

Sample name:

Date: 01-04-2023 21:55:37

Number of reads: 959501

Percentage reads mapped: 16.35

Strain: lineage5.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage5 West-Africa 1 AFRI_2;AFRI_3 RD711 1.0
lineage5.1.1 West-Africa 1 AFRI_2;AFRI_3 RD711 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9566 c.2265C>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761528 c.1722C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763280 c.-90C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766169 p.Gly934Ser missense_variant 0.13
rpoC 766471 c.3102G>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776374 p.Arg703Cys missense_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407273 p.Asp23Val missense_variant 0.96
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0