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Run: SRR11972369
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Run ID: SRR11972369

Sample name:

Date: 03-04-2023 05:39:31

Number of reads: 1865405

Percentage reads mapped: 71.58

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 0.86 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.99 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.97 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155167 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289158 c.82_83delGC frameshift_variant 0.84 pyrazinamide
pncA 2289162 c.78_79delGC frameshift_variant 0.84 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 0.97 ethambutol
embB 4247730 p.Gly406Asp missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576583 c.1236A>C synonymous_variant 0.93
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.98
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764817 p.Val483Ala missense_variant 0.96
rpoC 765145 c.1776C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472987 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474639 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474753 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rpsA 1833856 c.315A>G synonymous_variant 1.0
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.14
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.17
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289150 p.Ile31Gly missense_variant 0.84
pncA 2289153 p.Ala30Val missense_variant 0.84
pncA 2289155 p.Arg29Gly missense_variant 0.84
eis 2715432 c.-100C>T upstream_gene_variant 0.95
ahpC 2726121 c.-72C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474430 p.Ser142Ala missense_variant 0.98
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244837 c.1605G>T synonymous_variant 0.94
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.1
embB 4246555 c.42G>C synonymous_variant 0.11
embB 4246556 p.Ala15Pro missense_variant 0.11
embB 4246563 p.Leu17Trp missense_variant 0.11
embB 4246567 c.54_55insT frameshift_variant 0.14
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
aftB 4268638 p.Leu67Met missense_variant 0.15
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0