Run ID: SRR11972369
Sample name:
Date: 03-04-2023 05:39:31
Number of reads: 1865405
Percentage reads mapped: 71.58
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7582 | p.Asp94Gly | missense_variant | 0.86 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.99 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 0.97 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155167 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2289158 | c.82_83delGC | frameshift_variant | 0.84 | pyrazinamide |
pncA | 2289162 | c.78_79delGC | frameshift_variant | 0.84 | pyrazinamide |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 0.97 | ethambutol |
embB | 4247730 | p.Gly406Asp | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
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mshA | 576583 | c.1236A>C | synonymous_variant | 0.93 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 0.98 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 764817 | p.Val483Ala | missense_variant | 0.96 |
rpoC | 765145 | c.1776C>G | synonymous_variant | 1.0 |
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mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
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