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Run: SRR18913779
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Run ID: SRR18913779

Sample name:

Date: 03-04-2023 20:51:08

Number of reads: 2442565

Percentage reads mapped: 98.02

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.99
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.99
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 778132 p.Gln117* stop_gained 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.26
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472843 n.999dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472847 n.1002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472849 n.1005delT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1474435 n.778G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474437 n.782_784delATA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474450 n.793T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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