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Run: SRR7131296
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Run ID: SRR7131296

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:52:27

Number of reads: 6454875

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.99
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 0.98
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.2
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.98
rpoC 766857 p.Arg1163His missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472648 n.803G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472709 n.864T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472786 n.941C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473008 n.1164delT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473275 n.1430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1473609 n.-49G>T upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474221 n.564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474277 n.620C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474290 n.633T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474291 n.635_645delTTCCTCTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474305 n.648G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474308 n.653_654delTG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474381 n.724T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474839 n.1182C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474875 n.1218G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474876 n.1219T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474935 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475551 n.1894T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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