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Run: ERR10762291
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Run ID: ERR10762291

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:02:30

Number of reads: 5623731

Percentage reads mapped: 86.82

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761110 p.Asp435Val missense_variant 0.95 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 0.93 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289050 p.Tyr64* stop_gained 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.19
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472030 n.185G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476088 n.2431A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476300 n.2643G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169016 p.Thr533Ala missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746747 c.852G>C synonymous_variant 1.0
ribD 2986827 c.-12G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568736 c.-57T>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.19
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4326083 p.Asp464Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 0.99