Run ID: ERR1873561
Sample name:
Date: 18-08-2022 16:15:35
Number of reads: 2168977
Percentage reads mapped: 61.37
Strain: lineage2.2.2
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD105/RD207 | RD105;RD207 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7581 | p.Asp94Asn | missense_variant | 0.88 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761110 | p.Asp435Val | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472359 | n.514A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 | streptomycin |
rrs | 1473246 | n.1401A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
fabG1 | 1673423 | c.-17G>T | upstream_gene_variant | 0.98 | isoniazid, ethionamide |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288724 | c.517dupG | frameshift_variant | 1.0 | pyrazinamide |
alr | 3841083 | p.Leu113Arg | missense_variant | 1.0 | cycloserine |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
ethA | 4326333 | p.Ala381Pro | missense_variant | 1.0 | ethionamide |
gid | 4407967 | p.Leu79Ser | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472544 | n.699C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472733 | n.888G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472734 | n.889C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472741 | n.896G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472742 | n.897C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472779 | n.934G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472786 | n.941C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472975 | n.1130T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473070 | n.1225G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1473089 | n.1244A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473094 | n.1249T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473099 | n.1254T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473109 | n.1264T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1473115 | n.1270G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473147 | n.1302G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473150 | n.1305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473161 | n.1316A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473164 | n.1319C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473179 | n.1334C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473226 | n.1381C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473352 | n.1507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474780 | n.1123C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1474798 | n.1141C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1474804 | n.1147C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1474830 | n.1173A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1474869 | n.1212G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1474902 | n.1245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1474913 | n.1256T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474920 | n.1263G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474927 | n.1271delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474931 | n.1274G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475687 | n.2030C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475696 | n.2039T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475699 | n.2042C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475703 | n.2046A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475707 | n.2050T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476252 | n.2595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476297 | n.2640C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476573 | n.2916A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476603 | n.2946G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476614 | n.2957A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476624 | n.2967T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476628 | n.2971T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476630 | n.2973A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476637 | n.2980C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2153933 | p.Ala727Ser | missense_variant | 0.21 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
kasA | 2519280 | p.Pro389Leu | missense_variant | 1.0 |
pepQ | 2860267 | c.150_151dupCG | frameshift_variant | 0.15 |
ribD | 2987307 | p.Ala157Pro | missense_variant | 0.17 |
thyA | 3073806 | c.666C>G | synonymous_variant | 0.12 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242822 | p.Val987Gly | missense_variant | 0.2 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |