Run ID: ERR4828879
Sample name:
Date: 01-04-2023 19:08:50
Number of reads: 1271051
Percentage reads mapped: 87.89
Strain: lineage3
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761127 | p.Ser441Ala | missense_variant | 0.18 | rifampicin |
rpoB | 761131 | p.Gly442Glu | missense_variant | 0.17 | rifampicin |
rpoB | 761196 | p.Leu464Met | missense_variant | 0.11 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 0.95 | streptomycin |
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katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
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rpoB | 761111 | c.1305C>T | synonymous_variant | 0.16 |
rpoB | 761133 | p.Leu443Met | missense_variant | 0.17 |
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rpoB | 761150 | c.1344A>C | synonymous_variant | 0.16 |
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mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
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