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Run: SRR1019127
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Run ID: SRR1019127

Sample name:

Date: 02-04-2023 16:10:52

Number of reads: 127353

Percentage reads mapped: 1.55

Strain: lineage4.9;lineage2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.05
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.06
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.9
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 777310 p.Gly391Ser missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473008 n.1164delT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474848 n.1191G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 0.75
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155918 p.Ala65Val missense_variant 0.5
Rv1979c 2221753 c.1411dupA frameshift_variant 0.22
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860462 c.-44C>A upstream_gene_variant 0.5
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449567 p.Gly355Glu missense_variant 0.4
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
fbiB 3642554 c.1020C>A synonymous_variant 0.4
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244770 p.Gly513Glu missense_variant 0.5
embB 4249760 p.Ala1083Thr missense_variant 0.67
ethR 4327015 c.-534G>T upstream_gene_variant 0.5
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407620 p.Tyr195His missense_variant 1.0