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Run: SRR10869302
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Run ID: SRR10869302

Sample name:

Date: 02-04-2023 19:47:46

Number of reads: 1326527

Percentage reads mapped: 60.44

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289213 p.Gln10Pro missense_variant 1.0 pyrazinamide
folC 2747454 p.Arg49Trp missense_variant 1.0 para-aminosalicylic_acid
embB 4247730 p.Gly406Asp missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.29
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766740 p.Val1124Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472986 n.1142delG non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472990 n.1146delG non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473094 n.1249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475761 n.2106_2113delCAAGGGTG non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476068 n.2411C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476217 n.2560A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168900 c.1713G>T synonymous_variant 0.22
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.2
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.31
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878618 c.-111A>C upstream_gene_variant 0.13
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268619 p.Val73Gly missense_variant 0.21
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0