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Run: SRR5153236
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Run ID: SRR5153236

Sample name:

Date: 04-04-2023 09:16:46

Number of reads: 1106808

Percentage reads mapped: 10.84

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288703 p.Val180Ala missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 619748 c.-143G>A upstream_gene_variant 0.22
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761998 p.Leu731Pro missense_variant 0.96
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801276 c.468G>T synonymous_variant 0.17
fbiC 1305022 p.His698Asn missense_variant 0.18
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474509 n.852G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474584 n.927C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474609 n.952G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476637 n.2980C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918322 p.Val128Ala missense_variant 0.12
ndh 2102862 p.Gly61Trp missense_variant 0.13
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2517977 c.-137delG upstream_gene_variant 0.13
Rv2752c 3065651 p.Arg181Ser missense_variant 0.12
ald 3086731 c.-89A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448932 p.Tyr143* stop_gained 0.15
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475129 c.1126delC frameshift_variant 0.33
Rv3236c 3612266 p.Pro284Gln missense_variant 0.18
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242535 c.-698C>T upstream_gene_variant 0.17
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243346 c.114A>G synonymous_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244426 c.1194G>T synonymous_variant 0.15
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ubiA 4269245 p.His197Asn missense_variant 0.15
ethA 4326361 c.1113C>A synonymous_variant 0.13
whiB6 4338371 p.Thr51Pro missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0