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Run: SRR6982075
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Run ID: SRR6982075

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Date: 04-04-2023 18:26:32

Number of reads: 96146

Percentage reads mapped: 13.98

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.2
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6291 p.Arg351Gln missense_variant 0.33
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406434 p.Met303Leu missense_variant 1.0
Rv1258c 1406696 c.645G>T synonymous_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
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rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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