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Run: SRR6982257
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Run ID: SRR6982257

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:32:04

Number of reads: 199558

Percentage reads mapped: 46.59

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.92
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.95
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 0.94
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761196 p.Leu464Met missense_variant 0.15 rifampicin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5313 c.76_78delGTC conservative_inframe_deletion 0.13
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8504 c.1203G>T synonymous_variant 0.14
gyrA 8975 p.Phe558Leu missense_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9374 c.2073G>T synonymous_variant 0.25
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.6
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 0.9
mshA 576208 c.861C>T synonymous_variant 0.2
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.2
ccsA 620773 p.Ile295Leu missense_variant 0.2
rpoB 759860 c.54G>A synonymous_variant 0.17
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 0.92
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.4
rpoC 764466 p.Ile366Thr missense_variant 0.15
rpoC 764950 c.1587_1588delTG frameshift_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 765755 p.Asp796Tyr missense_variant 0.17
rpoC 766000 c.2631G>A synonymous_variant 0.12
rpoC 766206 p.Asp946Gly missense_variant 0.25
rpoC 766590 p.Glu1074Val missense_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776776 p.Asn569Asp missense_variant 0.22
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.91
fbiC 1302868 c.-63T>C upstream_gene_variant 0.17
fbiC 1303957 p.Cys343Arg missense_variant 0.29
fbiC 1305213 c.2283C>G synonymous_variant 0.13
Rv1258c 1406792 c.548delT frameshift_variant 0.15
embR 1416622 c.726C>T synonymous_variant 0.92
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472848 n.1004dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473097 n.1252G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473108 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473112 n.1267A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473119 n.1274_1275insT non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473126 n.1282delG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473444 n.-214A>G upstream_gene_variant 0.25
rrl 1473687 n.30G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474816 n.1159G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474910 n.1253C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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