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Run: SRR6982334
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Run ID: SRR6982334

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:34:22

Number of reads: 783767

Percentage reads mapped: 76.05

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2168479 p.Thr712Pro missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0