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Run: SRR7131004
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Run ID: SRR7131004

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:41:18

Number of reads: 1005774

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764272 c.905delT frameshift_variant 0.13
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472969 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472974 n.1130delT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472991 n.1146G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473009 n.1165delC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475137 n.1480A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475260 n.1608delG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475998 n.2341C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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