Run ID: SRR7645973
Sample name:
Date: 04-04-2023 20:01:36
Number of reads: 5079654
Percentage reads mapped: 93.77
Strain: lineage4.3.4.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.1 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM2 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763783 | c.414G>A | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 764545 | c.1176C>G | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764548 | c.1179G>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764560 | c.1191T>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764561 | p.Pro398Ala | missense_variant | 0.1 |
rpoC | 764575 | c.1206T>G | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764578 | c.1209C>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764581 | c.1212T>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765325 | c.1956C>T | synonymous_variant | 0.99 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
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rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
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rrs | 1473291 | n.1446_1447insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
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rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrl | 1475869 | n.2212C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475883 | n.2226A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475884 | n.2227A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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rrl | 1475963 | n.2306G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
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rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168147 | c.2466A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223123 | c.42G>A | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
folC | 2746540 | c.1059G>A | synonymous_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338550 | c.-29A>T | upstream_gene_variant | 0.99 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 0.99 |