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Run: ERR10796582
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Run ID: ERR10796582

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:56

Number of reads: 864287

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.3

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.07
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
gid 4408069 p.Trp45* stop_gained 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5073 c.-167G>A upstream_gene_variant 0.25
gyrB 6211 c.972G>T synonymous_variant 0.22
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8189 c.888G>A synonymous_variant 0.13
gyrA 8612 c.1311C>T synonymous_variant 0.17
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 760019 c.213G>T synonymous_variant 0.5
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766534 c.3165C>A synonymous_variant 0.5
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 0.29
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776663 c.1818C>T synonymous_variant 0.23
mmpL5 777663 p.Ala273Val missense_variant 0.29
mmpL5 778582 c.-102C>T upstream_gene_variant 0.4
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781754 c.195G>A synonymous_variant 0.67
rplC 801115 p.Ala103Thr missense_variant 0.5
fbiC 1302783 c.-148T>C upstream_gene_variant 0.15
fbiC 1302874 c.-57G>A upstream_gene_variant 0.29
fbiC 1304539 p.Arg537Gly missense_variant 0.29
fbiC 1305370 p.Glu814Lys missense_variant 0.25
Rv1258c 1406149 p.Pro398Ser missense_variant 0.22
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.17
rrl 1473689 n.32C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473850 n.193A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473999 n.342C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474243 n.586G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474945 n.1288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475361 n.1704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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