Run ID: ERR2228859
Sample name:
Date: 31-03-2023 16:23:25
Number of reads: 309437
Percentage reads mapped: 5.35
Strain: lineage4
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761097 | p.Ser431Gly | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6947 | p.Lys570* | stop_gained | 0.22 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576015 | p.Gln223Leu | missense_variant | 0.29 |
ccsA | 620418 | c.528G>C | synonymous_variant | 0.33 |
rpoC | 764191 | c.822C>A | synonymous_variant | 0.25 |
rpoC | 764266 | c.897T>G | synonymous_variant | 0.29 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775726 | p.Leu919Met | missense_variant | 0.2 |
mmpL5 | 775940 | c.2541C>T | synonymous_variant | 0.29 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781911 | p.Gly118Arg | missense_variant | 0.25 |
rplC | 800614 | c.-195C>A | upstream_gene_variant | 0.25 |
fbiC | 1303747 | p.Thr273Ala | missense_variant | 1.0 |
embR | 1416221 | p.Phe376Ser | missense_variant | 0.29 |
embR | 1416904 | c.444G>A | synonymous_variant | 0.5 |
embR | 1417116 | p.Asn78Tyr | missense_variant | 0.29 |
atpE | 1461132 | p.Val30Ile | missense_variant | 0.2 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471850 | n.5G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1471852 | n.7T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1471878 | n.33C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1471896 | n.51T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrs | 1471900 | n.55C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1472094 | n.249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472101 | n.256G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472102 | n.257G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472122 | n.277G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472213 | n.368G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472215 | n.370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472234 | n.389T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472236 | n.391C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1472253 | n.408G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472262 | n.417C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472269 | n.424G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472271 | n.426T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472339 | n.494C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472378 | n.533G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472379 | n.534T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472389 | n.544G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472412 | n.567A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472415 | n.570T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472422 | n.577T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472505 | n.660G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472596 | n.751G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472598 | n.753A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472614 | n.769G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472665 | n.820G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472669 | n.824_825insTAGG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472695 | n.850C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1472880 | n.1035_1036insA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473054 | n.1209C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473080 | n.1235C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473082 | n.1237G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473083 | n.1238G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473094 | n.1249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473099 | n.1254T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473110 | n.1265T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473147 | n.1302G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473164 | n.1319C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473165 | n.1320C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473172 | n.1327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1473191 | n.1346C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1473206 | n.1361G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473226 | n.1381C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1473248 | n.1403G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1473249 | n.1404T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473255 | n.1410A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473260 | n.1415G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473281 | n.1436C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473282 | n.1437C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473288 | n.1443C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473290 | n.1445C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473291 | n.1446G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473296 | n.1451G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473297 | n.1452G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473327 | n.1482A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473328 | n.1483C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473352 | n.1507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1474001 | n.344C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474236 | n.579G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1474252 | n.595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474255 | n.598C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474839 | n.1182C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474869 | n.1212G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrl | 1474892 | n.1235G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrl | 1474902 | n.1245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1474903 | n.1246T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474913 | n.1256T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474920 | n.1263G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1475550 | n.1893A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475552 | n.1895G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475574 | n.1917C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1475713 | n.2056C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476135 | n.2478T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476141 | n.2484A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476153 | n.2496T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476229 | n.2572C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476268 | n.2611A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476275 | n.2618T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476279 | n.2622G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476301 | n.2644A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476517 | n.2860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476572 | n.2915G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476573 | n.2916A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
inhA | 1674467 | p.Asp89Val | missense_variant | 1.0 |
rpsA | 1834208 | p.Gly223Ser | missense_variant | 0.4 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102746 | c.297C>A | synonymous_variant | 0.25 |
ndh | 2102971 | p.Phe24Leu | missense_variant | 0.5 |
katG | 2155126 | p.Asp329Val | missense_variant | 0.25 |
katG | 2156337 | c.-226G>A | upstream_gene_variant | 0.22 |
katG | 2156553 | c.-442G>T | upstream_gene_variant | 0.33 |
PPE35 | 2168728 | p.Gly629Arg | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289964 | c.-723C>T | upstream_gene_variant | 0.4 |
ahpC | 2725956 | c.-237G>A | upstream_gene_variant | 0.15 |
ahpC | 2726585 | c.393C>T | synonymous_variant | 0.18 |
pepQ | 2859522 | c.897C>A | synonymous_variant | 0.5 |
Rv2752c | 3065219 | p.Ser325Gly | missense_variant | 0.14 |
Rv2752c | 3065801 | p.Gly131Ser | missense_variant | 0.33 |
Rv2752c | 3066350 | c.-159T>C | upstream_gene_variant | 0.22 |
Rv2752c | 3066360 | c.-169T>C | upstream_gene_variant | 0.25 |
thyX | 3067856 | c.90C>T | synonymous_variant | 0.22 |
ald | 3087217 | p.Met133Thr | missense_variant | 0.33 |
fbiD | 3339698 | p.Asp194Ala | missense_variant | 0.38 |
whiB7 | 3568584 | c.96C>A | synonymous_variant | 0.4 |
fbiB | 3642201 | c.669delC | frameshift_variant | 0.29 |
clpC1 | 4039665 | p.Val347Gly | missense_variant | 0.22 |
clpC1 | 4040321 | c.384C>A | synonymous_variant | 0.22 |
panD | 4044251 | p.His11Asn | missense_variant | 0.29 |
panD | 4044259 | p.Ser8* | stop_gained | 0.22 |
embC | 4240757 | p.Thr299Pro | missense_variant | 0.2 |
embC | 4240778 | p.His306Tyr | missense_variant | 0.17 |
embC | 4241316 | p.Ile485Asn | missense_variant | 0.22 |
embC | 4242173 | p.Ala771Thr | missense_variant | 0.18 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4243118 | p.Trp1086Gly | missense_variant | 0.18 |
embB | 4249785 | c.3275delG | frameshift_variant | 0.4 |
ethA | 4326074 | p.Leu467His | missense_variant | 0.33 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |