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Run: ERR4769525
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Run ID: ERR4769525

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:43:35

Number of reads: 55954

Percentage reads mapped: 2.53

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0