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Run: ERR751317
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Run ID: ERR751317

Sample name:

Date: 02-04-2023 04:24:20

Number of reads: 16589

Percentage reads mapped: 0.34

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 762863 c.-507T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762872 p.Met1022Ile missense_variant 1.0
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 1.0
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.46
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.54
rpoC 762920 c.-450C>G upstream_gene_variant 0.59
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.59
rpoB 762925 p.Thr1040Ile missense_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.76
rpoC 762932 c.-438G>C upstream_gene_variant 0.46
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.35
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 1.0
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 1.0
rpoC 762953 c.-417G>A upstream_gene_variant 0.35
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.27
rpoC 762965 c.-405T>A upstream_gene_variant 0.6
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.5
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 1.0
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 1.0
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 1.0
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764576 p.Ser403Ala missense_variant 0.4
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 1.0
rpoC 764587 c.1218C>G synonymous_variant 0.57
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764617 c.1248C>T synonymous_variant 0.31
rpoC 764620 c.1251G>T synonymous_variant 0.31
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764641 c.1272C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.56
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.83
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764672 p.Gln435Glu missense_variant 1.0
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.75
rpoC 764695 c.1326T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764705 p.Leu446Lys missense_variant 1.0
rrs 1471876 n.31G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1471877 n.32A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1471892 n.47G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1471893 n.48T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471917 n.72G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471918 n.74_78delAAGGT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471934 n.89A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471935 n.92_96delCTCGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471948 n.103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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