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Run: SRR1049030
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Run ID: SRR1049030

Sample name:

Date: 02-04-2023 17:52:06

Number of reads: 60360

Percentage reads mapped: 1.78

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.98
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
mshA 576502 c.1155C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 777897 p.Asp195Val missense_variant 0.5
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474582 n.925T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475539 n.1882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475869 n.2212C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475913 n.2256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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ndh 2102895 p.Leu50Met missense_variant 0.67
PPE35 2167985 p.Met876Ile missense_variant 1.0
Rv2752c 3066362 c.-171G>A upstream_gene_variant 0.4
ald 3086778 c.-42A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0