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Run: SRR1062820
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Run ID: SRR1062820

Sample name:

Date: 02-04-2023 18:34:25

Number of reads: 3172814

Percentage reads mapped: 41.79

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.99 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288841 p.Ala134Val missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
rpoC 765513 p.Lys715Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473131 n.1286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474528 n.871T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086940 p.Glu41* stop_gained 0.64
ald 3087222 p.Glu135* stop_gained 0.42
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246567 c.54G>T synonymous_variant 1.0
embB 4247738 p.Ala409Pro missense_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ubiA 4269722 p.Ala38Thr missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 0.99