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Run: SRR12199409
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Run ID: SRR12199409

Sample name:

Date: 03-04-2023 06:38:04

Number of reads: 884196

Percentage reads mapped: 67.83

Strain: lineage1.2.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 0.98
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472362 n.517C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8 streptomycin
ethA 4327132 c.341delA frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 7158 c.1931_1933delCCG disruptive_inframe_deletion 1.0
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.94
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406170 p.Gly391Arg missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 0.97
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471754 n.-92T>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472544 n.699C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472545 n.700A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472581 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472585 n.740A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472607 n.762G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472608 n.763T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472612 n.767G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472615 n.770C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472620 n.775A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472634 n.789T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472639 n.794G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472643 n.798A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472644 n.799C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472970 n.1125C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473262 n.1417T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475151 n.1494C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475156 n.1499G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475163 n.1506T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475175 n.1518G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475188 n.1531C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476160 n.2503T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476196 n.2539C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476209 n.2552A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476210 n.2553G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476353 n.2696G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476513 n.2856G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476544 n.2887T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476545 n.2888C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476565 n.2908G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476566 n.2909A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476577 n.2920T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476578 n.2921C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476605 n.2948C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155128 p.Trp328Phe missense_variant 0.87
katG 2156164 c.-53G>C upstream_gene_variant 0.86
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168742 p.Gly624Asp missense_variant 0.95
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.21
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.21
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2714177 p.Leu386Ile missense_variant 0.98
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 0.92
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 0.88
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 0.89
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 0.97
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326148 c.1326G>T synonymous_variant 1.0
ethA 4326439 p.Asn345Lys missense_variant 1.0
ethA 4328378 c.-905G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338203 p.Arg107Cys missense_variant 0.95
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