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Run: SRR19303949
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Run ID: SRR19303949

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:15:24

Number of reads: 5076250

Percentage reads mapped: 86.99

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.2
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rpsA 1834836 p.Met432Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2156196 c.-85C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
folC 2746340 p.Ala420Val missense_variant 1.0
pepQ 2860159 p.Ala87Gly missense_variant 0.15
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.35
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038968 c.1737G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.38
ethA 4326136 c.1338G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0