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Run: SRR19576436
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Run ID: SRR19576436

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:51:07

Number of reads: 2984014

Percentage reads mapped: 29.3

Strain:

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.12
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 0.09
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 0.2
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 0.16
gyrB 6678 p.Pro480Leu missense_variant 0.12
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 0.17
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9781 p.Ala827Val missense_variant 0.2
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
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ccsA 619878 c.-13G>A upstream_gene_variant 0.14
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rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
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rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 0.17
rpoC 764220 p.Gly284Asp missense_variant 0.4
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mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 778729 p.Glu59Asp missense_variant 0.17
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embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 0.14
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