Run ID: SRR5818432
Sample name:
Date: 04-04-2023 11:27:23
Number of reads: 241560
Percentage reads mapped: 96.26
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.99 | rifampicin |
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
gid | 4407605 | c.597delC | frameshift_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1472094 | n.249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
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tlyA | 1918739 | p.Gly267Asp | missense_variant | 1.0 |
pncA | 2289022 | p.Ser74Gly | missense_variant | 0.15 |
eis | 2715204 | c.129C>T | synonymous_variant | 0.25 |
ahpC | 2726184 | c.-9A>C | upstream_gene_variant | 0.67 |
ahpC | 2726338 | p.Val49Gly | missense_variant | 0.25 |
ahpC | 2726341 | p.Val50Gly | missense_variant | 0.29 |