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Run: SRR6982410
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Run ID: SRR6982410

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:36:32

Number of reads: 727957

Percentage reads mapped: 60.79

Strain: lineage4.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
lineage4.8.1 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2288703 p.Val180Ala missense_variant 0.13 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 575527 c.180G>A synonymous_variant 0.11
rpoB 759740 c.-67A>G upstream_gene_variant 0.2
rpoB 761380 p.Leu525Pro missense_variant 0.12
rpoC 765693 p.Val775Ala missense_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777250 c.1230delC frameshift_variant 0.14
mmpL5 777254 c.1227G>T synonymous_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.17
Rv1258c 1406595 p.Lys249Arg missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471914 n.69A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473862 n.205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473867 n.210C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473871 n.214T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473926 n.269G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474816 n.1159G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
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rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
fabG1 1673560 p.Lys41Leu missense_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155007 p.Gly369Arg missense_variant 0.11
katG 2155148 p.Thr322Ala missense_variant 0.12
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170716 c.-104A>G upstream_gene_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289801 c.-560C>T upstream_gene_variant 0.12
kasA 2518708 c.594C>A synonymous_variant 0.17
Rv2752c 3066197 c.-6C>A upstream_gene_variant 0.15
Rv2752c 3067179 c.-988T>G upstream_gene_variant 0.11
thyX 3067342 p.Glu202Lys missense_variant 0.13
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clpC1 4038530 p.Glu725Asp missense_variant 0.11
embC 4241470 c.1608C>A synonymous_variant 0.12
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embB 4249684 p.Trp1057Cys missense_variant 0.29
aftB 4269654 c.-818G>C upstream_gene_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0