TB-Profiler result

Run: ERR036233
Summary

Run ID: ERR036233

Sample name:

Date: 31-03-2023 08:31:05

Number of reads: 5032141

Percentage reads mapped: 74.03

Strain: lineage4.3.4.1;lineage1.1.2

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.31
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.7
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.29
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 0.73
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 0.71
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.27
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 0.26
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 0.76
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 0.72
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8445 p.Arg382Gly missense_variant 0.27
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 0.75
gyrA 8715 p.Pro472Ser missense_variant 0.33
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.8
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.68
rpoB 759608 c.-199C>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762836 c.-534C>G upstream_gene_variant 0.34
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.76
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 0.61
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 0.6
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.3
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 0.67
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.75
mmpL5 777399 p.Thr361Arg missense_variant 0.17
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800997 p.Asn63Lys missense_variant 0.24
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 0.64
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473343 n.1498G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474380 n.723G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475188 n.1531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
fabG1 1673283 c.-157A>C upstream_gene_variant 0.72
inhA 1674892 p.Asn231Asp missense_variant 0.37
tlyA 1917777 c.-163A>G upstream_gene_variant 0.69
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918106 p.Thr56Ile missense_variant 0.72
ndh 2102891 p.Phe51Ser missense_variant 0.26
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.79
katG 2155557 c.555C>T synonymous_variant 0.68
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.64
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 0.66
PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.14
PPE35 2169866 c.747G>C synonymous_variant 0.44
PPE35 2170378 p.Ala79Thr missense_variant 0.64
Rv1979c 2221783 p.Ala461Glu missense_variant 0.66
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 0.81
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 0.72
eis 2714199 p.Lys378Asn missense_variant 0.7
eis 2714366 p.Val323Leu missense_variant 0.24
eis 2715586 c.-254G>C upstream_gene_variant 0.52
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 0.74
ahpC 2726323 p.Pro44Arg missense_variant 0.21
ahpC 2726672 c.480G>A synonymous_variant 0.68
pepQ 2859830 p.Gly197Arg missense_variant 0.34
ribD 2987307 p.Ala157Pro missense_variant 0.22
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 0.69
Rv2752c 3064741 p.Gly484Ala missense_variant 0.3
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.2
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 0.27
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448442 c.-62A>C upstream_gene_variant 0.81
Rv3083 3448598 p.Ile32Thr missense_variant 0.24
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 0.8
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 0.76
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 0.66
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 0.34
Rv3236c 3612768 p.Ala117Pro missense_variant 0.2
Rv3236c 3613012 c.105G>A synonymous_variant 0.8
fbiB 3641955 p.Gly141Arg missense_variant 0.21
fbiB 3642734 c.1200G>C synonymous_variant 0.26
fbiB 3642772 p.Asp413Ala missense_variant 0.24
alr 3841006 p.Asp139His missense_variant 0.29
ddn 3987013 p.Gly57Ala missense_variant 0.28
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 0.24
clpC1 4039932 p.Gly258Val missense_variant 0.23
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 0.67
embC 4239842 c.-21C>A upstream_gene_variant 0.25
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 0.73
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 0.7
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.23
embC 4242476 p.Pro872Ala missense_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242822 p.Val987Gly missense_variant 0.33
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 0.64
embA 4245166 p.Pro645Gln missense_variant 0.68
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 0.77
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 0.78
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 0.68
ubiA 4269529 p.Ala102Gly missense_variant 0.2
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 0.69
ethA 4327672 c.-199G>A upstream_gene_variant 0.24
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 0.69
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 0.69
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 0.73
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 0.27