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Run: ERR1082121
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Run ID: ERR1082121

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:15:43

Number of reads: 116750

Percentage reads mapped: 1.55

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.87
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5150 c.-89delC upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
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gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
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mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
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Rv1258c 1407273 p.Asp23Val missense_variant 1.0
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rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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ald 3087832 p.Ala338Val missense_variant 0.67
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gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0