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Run: ERR108476
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Run ID: ERR108476

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:19:07

Number of reads: 2417985

Percentage reads mapped: 50.78

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.99
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.98
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473423 n.-235C>T upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474530 n.873G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474539 n.882C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.29
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3613286 c.-170C>G upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.18
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.21
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0