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Run: ERR1873446

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Run ID: ERR1873446

Sample name:

Date: 24-01-2024 13:08:04

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Pre-XDR-TB


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrB 6620 p.Asp461His missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.99 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155167 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288827 p.Val139Met missense_variant 1.0 pyrazinamide
ahpC 2726145 c.-48G>A upstream_gene_variant 1.0 isoniazid
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326876 c.597delC frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6608 p.Val457Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764840 p.Ile491Val missense_variant 0.78
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801354 c.546G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473094 n.1249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473201 n.1356_1357delACinsT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087252 c.434_437dupGCGC frameshift_variant 1.0
Rv3083 3449616 p.Met371Ile missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 0.98
embA 4243225 c.-8C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0