TB-Profiler result

Run: ERR190388
Summary

Run ID: ERR190388

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:31:17

Number of reads: 1289407

Percentage reads mapped: 39.04

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764494 c.1125G>A synonymous_variant 0.15
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.15
rpoC 764503 c.1134G>A synonymous_variant 0.14
rpoC 764509 c.1140G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764510 c.1141C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764513 p.Phe382Ile missense_variant 0.13
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764569 c.1200G>A synonymous_variant 0.15
rplC 801355 p.His183Tyr missense_variant 1.0
fbiC 1304159 p.Val410Gly missense_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472256 n.411T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472575 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473094 n.1249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474768 n.1111C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475876 n.2219_2220insT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476657 n.3000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168718 p.Thr632Lys missense_variant 0.1
PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.28
PPE35 2170036 p.Val193Met missense_variant 1.0
fbiD 3339273 c.156T>G synonymous_variant 0.22
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.24
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.27
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0