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Run: SRR13180204
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Run ID: SRR13180204

Sample name:

Date: 03-04-2023 08:13:48

Number of reads: 1129262

Percentage reads mapped: 92.33

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.27
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472414 n.569C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472449 n.604C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472463 n.618G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472467 n.622G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474450 n.793T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475767 n.2110G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476300 n.2643G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244248 p.Val339Ala missense_variant 1.0
aftB 4269540 c.-704C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408254 c.-52G>T upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*56delCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0