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Run: SRR14801294
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Run ID: SRR14801294

Sample name:

Date: 03-04-2023 11:41:37

Number of reads: 5094792

Percentage reads mapped: 73.68

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.99
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.99 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.96 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.99 isoniazid
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 0.98 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.97
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 0.99
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.14
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.99
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.99
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.99
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.99
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473121 n.1276_1277insA non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476229 n.2572C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
fabG1 1673553 p.Asp38Glu missense_variant 0.2
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 0.99
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.99
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.99
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.22
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860159 p.Ala87Gly missense_variant 0.16
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.56
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
rpoA 3878417 p.Gly31Ser missense_variant 0.95
rpoA 3878613 c.-106A>C upstream_gene_variant 0.24
rpoA 3878641 c.-134C>G upstream_gene_variant 0.43
embC 4240409 p.Pro183Ala missense_variant 0.19
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 0.99
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246527 p.Ala5Gly missense_variant 0.27
embB 4248324 p.Ala604Gly missense_variant 0.22
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.99
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 0.99
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 0.98