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Run: SRR16278273
Summary

Run ID: SRR16278273

Sample name:

Date: 03-04-2023 16:49:40

Number of reads: 1704605

Percentage reads mapped: 25.0

Strain: La1.4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.4 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrB 6172 c.933C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.96
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472669 n.824_825insCAG non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1473101 n.1256C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrl 1475091 n.1434G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
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rrl 1476602 n.2945G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102706 p.Asp113His missense_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
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aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
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gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0