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Run: SRR18213721
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Run ID: SRR18213721

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:26:28

Number of reads: 647542

Percentage reads mapped: 55.77

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.1
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.1
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoB 763078 p.Val1091Ala missense_variant 0.1
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.14
rpoC 763625 p.Lys86Arg missense_variant 0.1
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304159 p.Val410Gly missense_variant 0.27
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473282 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475079 n.1422T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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