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Run: SRR21713567
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Run ID: SRR21713567

Sample name:

Date: 04-04-2023 03:10:01

Number of reads: 3803514

Percentage reads mapped: 91.02

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760885 p.Glu360Gly missense_variant 0.99
rpoC 766789 c.3420G>A synonymous_variant 0.97
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472497 n.652G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472859 n.1014G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472960 n.1115G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472986 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474627 n.970G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476088 n.2431A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476608 n.2951C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155853 p.Ser87Ala missense_variant 1.0
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2715145 c.187delC frameshift_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
fprA 3473902 c.-105C>G upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878575 c.-68C>T upstream_gene_variant 0.75
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*56delCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0