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Run: ERR072033
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Run ID: ERR072033

Sample name:

Date: 31-03-2023 09:09:30

Number of reads: 1001390

Percentage reads mapped: 23.81

Strain: lineage3.1.2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 0.93
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 0.96
lineage3.1.2.2 East-African-Indian CAS RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9611 c.2310C>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
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rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
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mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
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rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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