Run ID: ERR1034902
Sample name:
Date: 31-03-2023 09:49:12
Number of reads: 7509952
Percentage reads mapped: 95.1
Strain: lineage4.3.4.2
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7582 | p.Asp94Ala | missense_variant | 1.0 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1473246 | n.1401A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 0.99 | isoniazid, ethionamide |
inhA | 1674782 | p.Ile194Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
pncA | 2288868 | p.Val125Gly | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
embA | 4243217 | c.-16C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | ethambutol |
embB | 4247429 | p.Met306Val | missense_variant | 0.99 | ethambutol |
embB | 4247781 | p.Met423Thr | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
gid | 4407965 | p.Ala80Pro | missense_variant | 0.99 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6140 | p.Val301Leu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 490655 | c.-128T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoB | 761998 | p.Leu731Pro | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrl | 1473752 | n.95G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473806 | n.149C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1473815 | n.158T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1473836 | n.179A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1473876 | n.219G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1473877 | n.220G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1473898 | n.241C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1473923 | n.266C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1473924 | n.267_268insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1473943 | n.286G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1473944 | n.287G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1473995 | n.338G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474001 | n.344C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474028 | n.371T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474029 | n.372G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474034 | n.377G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474040 | n.383G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474083 | n.426C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474111 | n.454T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474140 | n.483C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474151 | n.494C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474181 | n.524C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474632 | n.975G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474639 | n.982G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474716 | n.1059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474794 | n.1137C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474812 | n.1155G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474831 | n.1174A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475061 | n.1404C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475202 | n.1545G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475333 | n.1676T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475355 | n.1698C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrl | 1475402 | n.1745C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475419 | n.1762C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475429 | n.1772G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475446 | n.1789G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1475505 | n.1848G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475526 | n.1869C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475608 | n.1951T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475638 | n.1981C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475657 | n.2000A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475760 | n.2103C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475763 | n.2106C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475997 | n.2340A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476032 | n.2375C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476033 | n.2376T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476035 | n.2378G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476095 | n.2438C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476299 | n.2642C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476628 | n.2971T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476629 | n.2972C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476716 | n.3059A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476726 | n.3069A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073806 | c.666C>G | synonymous_variant | 0.25 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 1.0 |
alr | 3840719 | c.702A>G | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ethA | 4328127 | c.-654C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |