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Run: ERR216950
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Run ID: ERR216950

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:56:40

Number of reads: 811419

Percentage reads mapped: 22.17

Strain: lineage1.1.3.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.99
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 0.99
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 0.98
lineage1.1.3.2 Indo-Oceanic NA RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
eis 2715386 c.-54G>T upstream_gene_variant 0.11 kanamycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 0.95
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8188 p.Leu296Pro missense_variant 0.97
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.87
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.97
ccsA 619695 c.-196G>A upstream_gene_variant 0.9
rpoB 759662 c.-145C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 0.94
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
rpoC 767077 c.3708G>T synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.11
mmpL5 778075 p.Ala136Ser missense_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801166 p.Gly120Ser missense_variant 1.0
Rv1258c 1407454 c.-114G>T upstream_gene_variant 0.14
embR 1416370 p.Ser326Arg missense_variant 0.11
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472256 n.411T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476657 n.3000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
inhA 1674883 p.Ile228Val missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918263 c.324G>T synonymous_variant 0.15
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PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289453 c.-212G>T upstream_gene_variant 0.14
pncA 2289923 c.-682G>A upstream_gene_variant 0.18
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2715441 c.-109C>T upstream_gene_variant 0.95
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Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
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fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
fbiB 3642173 c.639G>A synonymous_variant 1.0
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rpoA 3878687 c.-180A>C upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
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embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
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embC 4241191 c.1329C>A synonymous_variant 0.18
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embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 0.91
ubiA 4269242 p.Leu198Met missense_variant 0.15
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 0.9
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ethA 4326674 p.Leu267Pro missense_variant 0.11
ethA 4326741 p.Arg245Cys missense_variant 0.18
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whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 0.95
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407780 c.423G>A synonymous_variant 0.92
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0