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Run: ERR2179857
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Run ID: ERR2179857

Sample name:

Date: 15-08-2022 11:55:25

Number of reads: 1444655

Percentage reads mapped: 33.75

Strain: lineage4

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761095 p.Leu430Pro missense_variant 0.11 rifampicin
rpoB 761166 p.Pro454Ser missense_variant 0.18 rifampicin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7567 p.Asp89Gly missense_variant 0.11
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7686 p.Tyr129His missense_variant 0.11
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491448 c.666C>G synonymous_variant 0.12
ccsA 620619 c.729G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 767148 p.Ala1260Val missense_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777216 p.Pro422Arg missense_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406953 p.Glu130Lys missense_variant 0.14
embR 1416676 c.672G>C synonymous_variant 0.12
embR 1416906 p.Pro148Ser missense_variant 0.13
embR 1417263 p.Pro29Ser missense_variant 0.19
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1918554 c.615G>A synonymous_variant 0.12
tlyA 1918631 p.Pro231Leu missense_variant 0.15
tlyA 1918635 c.696C>T synonymous_variant 0.14
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289870 c.-629C>A upstream_gene_variant 0.15
kasA 2518814 p.Arg234Gly missense_variant 0.2
eis 2715096 c.237C>A synonymous_variant 0.12
ribD 2986719 c.-120G>T upstream_gene_variant 0.14
thyA 3074467 p.Thr2Met missense_variant 0.14
fbiD 3339078 c.-40C>T upstream_gene_variant 0.15
fbiD 3339279 c.162T>C synonymous_variant 0.17
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640704 p.His54Gln missense_variant 0.13
alr 3840978 p.Thr148Asn missense_variant 0.2
rpoA 3878127 c.381G>A synonymous_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
clpC1 4039560 p.Ala382Val missense_variant 0.14
clpC1 4039645 p.His354Asp missense_variant 0.11
clpC1 4039682 c.1023C>T synonymous_variant 0.18
clpC1 4039691 c.1014G>C synonymous_variant 0.15
embC 4240969 p.His369Gln missense_variant 1.0
embC 4241200 c.1338C>T synonymous_variant 0.12
embA 4245744 p.Pro838Thr missense_variant 0.12
embB 4247962 c.1449G>T synonymous_variant 0.17
embB 4248480 p.Phe656Ser missense_variant 0.12
aftB 4268308 p.Phe177Leu missense_variant 0.11
ethA 4327310 p.Ser55Cys missense_variant 0.93
ethA 4328103 c.-630C>T upstream_gene_variant 0.15
ethA 4328400 c.-927C>T upstream_gene_variant 0.15
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0