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Run: ERR245764
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Run ID: ERR245764

Sample name:

Date: 31-03-2023 18:19:32

Number of reads: 5511082

Percentage reads mapped: 42.09

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7493 c.192C>T synonymous_variant 0.31
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.99
ccsA 620407 p.Pro173Ala missense_variant 0.32
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.16
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762249 p.Leu815Val missense_variant 0.18
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762836 c.-534C>G upstream_gene_variant 0.38
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777399 p.Thr361Arg missense_variant 0.18
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417233 c.115C>T synonymous_variant 0.26
atpE 1461019 c.-26C>A upstream_gene_variant 0.17
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rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
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