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Run: ERR405217
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Run ID: ERR405217

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:30:01

Number of reads: 2271408

Percentage reads mapped: 46.87

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.99
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.21
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoB 762925 p.Thr1040Ile missense_variant 0.13
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 0.14
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.98
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471918 n.74_78delAAGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471948 n.103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472350 n.505C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472373 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472715 n.870C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472812 n.967A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474838 n.1181C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474875 n.1218G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474876 n.1219T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474893 n.1236G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474899 n.1242T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474910 n.1253C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475499 n.1842C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475553 n.1896G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475571 n.1914A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475575 n.1918C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475577 n.1920C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476266 n.2609G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476279 n.2622G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476281 n.2624T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476339 n.2682G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476356 n.2699C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476384 n.2727G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2714526 c.805_806delAC frameshift_variant 1.0
Rv2752c 3065711 p.Gly161Ser missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.21
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 0.98
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.97
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0