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Run: ERR4816571
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Run ID: ERR4816571

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:30:16

Number of reads: 918093

Percentage reads mapped: 58.23

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5573 p.Asp112Asn missense_variant 0.11
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760490 c.684C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776395 p.Phe696Leu missense_variant 1.0
mmpR5 779474 p.Gly162Glu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472114 n.269A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472151 n.306C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472917 n.1072G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473073 n.1228A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473346 n.1501G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473365 n.1520C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473911 n.254G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474124 n.467G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474142 n.485C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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