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Run: SRR12199468
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Run ID: SRR12199468

Sample name:

Date: 03-04-2023 06:42:11

Number of reads: 99357

Percentage reads mapped: 9.93

Strain: lineage4.9;lineage4.4.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.97
lineage4.4 Euro-American S;T None 0.15
lineage4.4.2 Euro-American T1;T2 None 0.11
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801273 c.465C>G synonymous_variant 1.0
atpE 1461108 p.Ile22Leu missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473108 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1473384 n.-274A>T upstream_gene_variant 0.36
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474479 n.822A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475552 n.1895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476114 n.2457T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476116 n.2459A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1476229 n.2572C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476269 n.2612C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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