Run ID: SRR4034391
Sample name:
Date: 04-04-2023 06:46:39
Number of reads: 13923902
Percentage reads mapped: 57.05
Strain: lineage4.1.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2.1 | Euro-American (Haarlem) | T1;H1 | RD182 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761139 | p.His445Tyr | missense_variant | 0.99 | rifampicin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2289031 | p.His71Tyr | missense_variant | 0.99 | pyrazinamide |
ald | 3086951 | c.133delA | frameshift_variant | 1.0 | cycloserine |
embA | 4243217 | c.-16C>G | upstream_gene_variant | 1.0 | ethambutol |
embB | 4247728 | p.Glu405Asp | missense_variant | 0.99 | ethambutol |
gid | 4407802 | p.Ala134Glu | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575679 | p.Asn111Ser | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 762863 | c.-507T>G | upstream_gene_variant | 0.11 |
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rpoB | 762878 | p.Ile1024Met | missense_variant | 0.22 |
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rpoC | 762899 | c.-471G>C | upstream_gene_variant | 0.33 |
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rpoC | 762929 | c.-441G>C | upstream_gene_variant | 0.37 |
rpoB | 762939 | p.Met1045Leu | missense_variant | 0.33 |
rpoB | 762942 | p.Ile1046Val | missense_variant | 0.31 |
rpoC | 762980 | c.-390T>C | upstream_gene_variant | 0.18 |
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rpoC | 764443 | p.Ile358Met | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 764446 | p.Asp359Glu | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 764450 | p.Gly361Arg | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 764461 | p.Glu364Asp | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 764471 | p.Asn368Arg | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 764479 | c.1110G>A | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406813 | c.528T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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