TB-Profiler result

Run: SRR4034393

Summary

Run ID: SRR4034393

Sample name:

Date: 04-04-2023 06:46:23

Number of reads: 7519664

Percentage reads mapped: 72.44

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: MDR-TB


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761139 p.His445Tyr missense_variant 1.0 rifampicin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289031 p.His71Tyr missense_variant 0.99 pyrazinamide
ald 3086951 c.133delA frameshift_variant 1.0 cycloserine
embA 4243217 c.-16C>G upstream_gene_variant 0.98 ethambutol
embB 4247728 p.Glu405Asp missense_variant 1.0 ethambutol
gid 4407802 p.Ala134Glu missense_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406813 c.528T>C synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472117 n.272A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 0.99
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3840259 p.Tyr388Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4247738 p.Ala409Pro missense_variant 1.0
ethA 4326842 p.Tyr211Ser missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0