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Run: SRR6981975
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Run ID: SRR6981975

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:23:33

Number of reads: 227316

Percentage reads mapped: 44.51

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5843 p.Lys202* stop_gained 0.18
gyrB 6327 p.Ser363Asn missense_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9559 p.Val753Gly missense_variant 0.25
fgd1 490746 c.-37G>A upstream_gene_variant 0.22
mshA 575564 c.217C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 759826 p.Ser7Ile missense_variant 0.22
rpoC 764926 c.1557C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765180 p.Gly604Val missense_variant 0.18
rpoC 767190 p.Pro1274Arg missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777174 p.Arg436His missense_variant 0.22
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800776 c.-33A>G upstream_gene_variant 0.17
fbiC 1303608 p.Lys226Asn missense_variant 0.18
fbiC 1304020 p.His364Asn missense_variant 0.17
Rv1258c 1406722 p.Gly207Trp missense_variant 0.4
atpE 1460905 c.-140T>A upstream_gene_variant 0.22
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