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Run: ERR2027250
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Run ID: ERR2027250

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:41:02

Number of reads: 771072

Percentage reads mapped: 57.43

Strain: lineage3.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
ethA 4326461 p.Ile338Ser missense_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.18
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303243 c.314delG frameshift_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ribD 2986999 p.Thr54Ile missense_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448774 p.Glu91* stop_gained 0.12
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612828 p.Ile97Val missense_variant 0.14
fbiA 3640493 c.-50A>T upstream_gene_variant 0.1
alr 3840354 p.Asp356Gly missense_variant 0.1
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326771 p.Tyr235Asp missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0