Run ID: ERR2027250
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:41:02
Number of reads: 771072
Percentage reads mapped: 57.43
Strain: lineage3.1.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 0.99 |
lineage3.1 | East-African-Indian | Non-CAS1-Delhi | RD750 | 1.0 |
lineage3.1.2 | East-African-Indian | CAS;CAS2 | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | streptomycin |
ethA | 4326461 | p.Ile338Ser | missense_variant | 1.0 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491027 | p.Asn82Thr | missense_variant | 0.18 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759620 | c.-187A>C | upstream_gene_variant | 0.21 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763053 | c.-317T>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 763070 | c.-300T>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 763103 | c.-267G>C | upstream_gene_variant | 0.11 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303243 | c.314delG | frameshift_variant | 0.11 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472412 | n.567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472416 | n.571C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
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rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168604 | p.Pro670Leu | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289047 | c.195C>T | synonymous_variant | 1.0 |
pncA | 2289365 | c.-125delC | upstream_gene_variant | 1.0 |
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fbiA | 3640493 | c.-50A>T | upstream_gene_variant | 0.1 |
alr | 3840354 | p.Asp356Gly | missense_variant | 0.1 |
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embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ethA | 4326771 | p.Tyr235Asp | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |