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Run: ERR2228888
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Run ID: ERR2228888

Sample name:

Date: 31-03-2023 16:24:52

Number of reads: 693202

Percentage reads mapped: 9.46

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491315 p.Gly178Ala missense_variant 0.18
rpoC 767074 p.Asp1235Glu missense_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
Rv1258c 1406701 p.Glu214* stop_gained 0.2
Rv1258c 1407039 p.Val101Gly missense_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472428 n.583G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474434 n.777T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
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rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1476595 n.2938C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476687 n.3030C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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PPE35 2169029 p.Asp528Glu missense_variant 0.25
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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folC 2747629 c.-31A>C upstream_gene_variant 0.21
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pepQ 2860315 p.Gly35Ala missense_variant 0.12
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0